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生物信息學分析與實踐--MATLAB生物信息學工具箱應用/生命科學與信息技術叢書

  • 作者：編者:劉偉//孫志強//楊森
  • 出版社：電子工業
  • ISBN：9787121333743
  • 出版日期：2018/01/01
  • 裝幀：平裝
  • 頁數：295
人民幣：RMB 59 元      售價：元
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內容大鋼
    劉偉、孫志強、楊森編著的《生物信息學分析與實踐--MATLAB生物信息學工具箱應用》是生物信息學分析和研究的實踐指導，精選生物信息學分析中的重要案例，結合作者多年教學實踐，借助MATLAB生物信息學工具箱，進行序列數據分析、晶元數據分析、高通量測序和質譜數據分析等，包括常規的序列比對和統計分析，直接訪問網路資料庫和本地資料庫，以及進行RNA結構預測和多種圖形的可視化等。本書從底層開始進行生物學數據常規分析，直觀地演示各種函數的使用方法和分析結果。
    本書實踐性強，是一本實用的生物信息學分析手冊與操作指南，適合生命科學、農學、醫學等相關專業學生使用，也適合從事生物學相關專業的科研人員、教師參考使用。
作者介紹
編者:劉偉//孫志強//楊森
目錄
第1章  序列分析
  1.1 計算和可視化序列統計特性
    1.1.1 人類線粒體基因組
    1.1.2 計算序列統計特性
    1.1.3 考察開放閱讀框（ORF）
    1.1.4 考察註釋特徵
    1.1.5 提取和分析ND2和COX1蛋白
    1.1.6 計算人類線粒體基因組中所有基因的密碼子使用頻率
  1.2 兩兩序列比對
    1.2.1 序列比對介紹
    1.2.2 查找序列信息
    1.2.3 確定蛋白質編碼序列
    1.2.4 比較氨基酸序列
    1.2.5 序列比對結果分析
  1.3 評估比對的統計學顯著性
    1.3.1 從MATLAB空間中獲取NCBI數據
    1.3.2 初步比對和全局比對
    1.3.3 評估打分的顯著性
    1.3.4 打分不具有統計學顯著性的例子
    1.3.5 局部比對和隨機序列
  1.4 全基因組比對
    1.4.1 提取基因組信息
    1.4.2 基因比對
    1.4.3 考察分數的含義
    1.4.4 利用稀疏矩陣減少存儲量
    1.4.5 查看同源基因
  1.5 分析同義和非同義替換
    1.5.1 介紹
    1.5.2 提取HIV-1基因組的兩個序列信息
    1.5.3 計算HIV-1基因的Ka/Ks比值
    1.5.4 利用滑動窗口計算Ka/Ks比值
    1.5.5 GAG、POL和ENV基因的滑動窗口分析
    1.5.6 分析GP120的Ka/Ks比值和表位
  1.6 追蹤禽流感病毒
    1.6.1 禽流感病毒介紹
    1.6.2 計算每個H5N1基因的Ka/Ks比值
    1.6.3 針對HA蛋白質進行系統發育分析
    1.6.4 利用多維變尺度可視化序列距離
    1.6.5 在非洲和亞洲地圖上展示H5N1病毒的地理區域
    1.6.6 利用谷歌地圖觀察地理區域
    1.6.7 在谷歌地圖中查看文件
  參考文獻
第2章  高通量測序
  2.1 分析Illumina/Solexa下一代測序數據
    2.1.1 簡介
    2.1.2 讀取_sequence.txt（FASTQ）文件
    2.1.3 考察序列讀數的長度分佈
    2.1.4 考察序列片段的鹼基組成
    2.1.5 考察質量打分分佈
    2.1.6 在標準之間轉換質量打分

    2.1.7 根據質量打分進行過濾和去除
    2.1.8 統計讀數出現概況
    2.1.9 識別人造的均聚物
  2.2 識別RNA-seq數據中差異表達的基因
    2.2.1 RNA-seq技術介紹
    2.2.2 前列腺癌症數據集
    2.2.3 為目標基因建立一個註釋對象
    2.2.4 輸入匹配的短讀數匹配數據
    2.2.5 確定數字化基因表達
    2.2.6 推斷RNA表達的差異信號
    2.2.7 估計文庫規模因子
    2.2.8 估計基因丰度
    2.2.9 估計負二項式分佈參數
    2.2.10 經驗累計分佈函數
    2.2.11 測試差異表達
  ……
第3章  晶元數據分析
第4章  質譜數據分析
第5章  可視化工具
第6章  外部資料庫和程序調用

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